На сегодняшний день единственным эффективным методом лечения врожденой эритропоэтической порфирии является трансплантация: костного мозга или гематопоэтических стволовых клеток.

Это сопряжено с высоким риском осложнений,  в том числе с летальным исходом. При успешном же проведении вмешательства у больных отмечается значительное снижение уровня порфиринов вплоть до его нормализации. 

Пациенты, которым по тем или иным причинам не может быть проведена трансплантация, должны избегать инсоляции, обычного дневного света и света флуоресцентных ламп. 

Следует помнить, что использование солнцезащитных средств, содержащих цинк или титан, не исключает необходимости избегать инсоляции и дневного света. 

Необходимо также избегать травмирования кожи, применять наружные антисептические препараты для уменьшения риска инфицирования. Для лечения тяжелых инфекций назначают антибиотики внутривенно и перорально (длительно).

В 2014 году для лечения больных врожденной эритропоэтической порфирией был утвержден препарат афамеланотид, стимулирующий выработку меланина через рецепторы к меланокортину-1.

Однако, данных об эффективности этого препарата при врожденной эритропоэтической порфирии к настоящему времени мало. Имеются отдельные сведения, что он не оказывает защитного действия на уже сформировавшиеся рубцовые очаги на лице и кистях.

Следует избегать применения фотодинамической терапии у новорожденных с гипербилирубинемией.

Среди прочих методов лечения следует упомянуть использование гидроксимочевины и гидроксихлорохина с целью уменьшения выработки порфирина. При легко протекающей врожденной эритропоэтической порфирии может быть полезно назначение активированного угля с целью увеличения выведения порфирина с калом.

Перспективным методом лечения больных эритропоэтической порфирией является генная терапия с помощью генетически модифицированных гематопоэтических стволовых клеток. Однако, этот метод еще на стадии изучения.

Еще одно направление в лечении больных – восстановление активности уропорфириноген III-синтазы. Для этого фермента характерны термодинамическая нестабильность и преждевременный распад под воздействием протеасом. В экспериментах на мышах было показано, что применение ингибиторов протеасом приводит к частичной коррекции метаболизма и значительному уменьшению накоплению порфирина.