Вторая половина XIX века - период расцвета клинической медицины, когда сомнительные теории этиологии и патогенеза болезней становились достоянием истории, научные методы только находили применение в практической деятельности врача, а искусство наблюдения и обследования пациента достигло высот своего развития. В этот период было сделано наибольшее количество наблюдений за кожными высыпаниями, что находит отражение в т.ч. в многочисленных эпонимах. Последним в ряду выдающихся клиницистов XIX века, посвятивших свою деятельность сифилису был Жан Альфред Фурнье. Окончание его деятельности совпало с наступлением новой эры, ознаменованной открытиями бледной трепонемы Шаудином и Хоффманом и серологии сифилиса Вассерманом и Нейссером, когда клинические наблюдения перестали быть основанием для постановки диагноза, а на первый план вышли лабораторные исследования.

Путь в сифилидологию для Фурнье начался с решения присоединится после интернатуры к Филиппу Рикору. После сдачи выпускных экзаменов Фурнье обратился к известному хирургу Альфреду Вельпо с просьбой работать в интернатуре под его руководством. 

«Куда ты планируешь идти через год?» - спросил хирург. 

«Я планировал быть у Рикора» - ответил молодой врач. 

«У Рикора. Важный человек. Влиятельная личность. Но что за неправильные идеи положит он в твою голову. Он будет учить, что гонорея и сифилис это не одно и то же. Конечно, Бог его знает, но я видел гонорею перешедшую в сифилис.»

Рикор и Фурнье составили блистательный дуэт, впрочем ученик не во всём следовал своему учителю. Так, многовековая практика удаления шанкров, за что ратовал Рикор и что по задумке должно было предотвращать развитие сифилиса, была прекращена именно Фурнье. 

Деятельность Фурнье распространялась далеко за больничные палаты. Его роль в описании проявлений сифилиса и не только неоспорима - голени Фурнье, рубцы Фурнье, третичная розеола Фурнье, гангрена Фурнье, симптом омнибуса и многое другое. Но также неоспорима его роль в профилактике венерических болезней. В 1901г. он основал Французское общество моральной и санитарной профилактики, которое вскоре насчитывало 1000 членов из разных слоев обществ. Общество выпускало «прелестные буклеты деликатной и незаметной пропаганды». В информационном буклете «Для ваших сыновей, когда они достигнут 18 лет» Фурнье обрисовал молодым людям такую ужасную картину сифилиса, что сексуальность почти стала синонимом смерти: «В Париже из 100 мужчин, минимум 13 были заражены сифилисом… нет ни одного органа, ни одного уголка или кармана в нашем теле, которое не поражалось бы… не редко сифилис проявляется через 20-25 лет после первичных симптомов… часто не проявляется своими симптомами до прежней беззаботности… как правило, фатален для детей… наконец, из последних исследований следует, что сифилис может приводить… к случаям дегенерация вида, упадка, дистрофии и уничтожения человеческого существования». Фурнье добавлял к этому изданию для молодёжи советы по индивидуальной профилактике, состоящие из «принципов морали и религии, которые вы получаете в своих семьях, самоуважения и уважения женщин». Его идеи профилактической деятельности находили поддержку у власти, в течение длительного времени одержимой реваншистскими идеями после поражения во Франко-Прусской войне и заинтересованной в здоровой и многочисленной нации. Необходимость страны в детях исключала сексуальность: «половые органы сделаны для репродукции, у них нет других предназначений». При обсуждении профилактики инфекций использование презервативов исключалось в пользу воздержания, которая считалась идеальной формой индивидуальной профилактики. Фурнье писал, что «для недостигших 21-летнего возраста сексуальные потребности не существуют. Ранний половой инстинкт искусственен и часто происходит лишь из ошибочного воспитания. В воздержании меньше опасности, чем в профилактике».

Помимо развития профилактики Фурнье видел необходимость в выявлении и лечении больных, которые не хотели обращаться ко врачу - ведь причин для этого хватало. В первую очередь это касалось проституток: каждая имела досье, обследовалась 2 раза в неделю (часто общими инструментами), а при подозрении на сифилис помещалась в полицейский специальный изолятор, затем её перевозили в полицейском фургоне в тюремную больницу св.Лазаря. Более 700 000 женщин были направлены туда за последние 30 лет XIX века и наблюдались там в ужасных санитарных и моральных условиях. Искупление вины путем физических страданий и лишений было неотъемлемой частью нахождения в больнице: строгая диета, очень плохие гигиенические условия, неотапливаемые жилища и запреты на посещения. Противостоя этим тюремным методам, Альфред Фурнье говорил о необходимости «привычного уровня социального неприятия, связанного с венерическим состоянием, лечения, как обычного пациента, и интернирование в больницу… но с чистой и простой госпитализацией, толерантностью, свободой от порицания и снисходительной госпитализацией, вместо бесполезной, крайне несправедливой и опасной системой тюрем». Также для устранения стигматизации больных Фурнье различал «заслуженный» сифилис (вызванный распутной жизнью) и «незаслуженный сифилис», как результат «уважаемых» видов передачи (сифилис кормилиц, который очень часто встречался в конце XIX века, сифилис из-за вакцинации, сифилис волосистой части головы или подбородка, полученный от парикмахера, и даже «шанкр ризницы» на щеке после церковной службы). 

Другой причиной, по которой пациенты не желали обращаться ко врачу, были побочные эффекты ртутного лечения, где повышенное слюноотделение кажется чем-то незначительным: боль в местах введения инъекционных препаратов, нагноение, жировая эмболия, параличи, жар, кровавая диарея, альбуминурия, ртутный стоматит и ртутные эритемы. В этом отношении Фурнье был непреклонен, высказываясь за продолжительное лечение, нежели за его отмену. Он рекомендовал 9-месячное лечение в 1858г., 2-летнее в 1873г., 4-летнее в 1889г. и 10-летнее в конце своей карьеры. Но ни врачи, ни пациенты не были подобными энтузиастами. Его коллега, Лелуар писал: «Во многих случаях пациенты предпочитают покинуть клинику, чем принять этот метод лечения».

Венцом академической карьеры Фурнье стало создание первой специализированной кафедры кожных и сифилитических болезней в 1881г. Хотя факультет высказывался в пользу создания 2 отдельных кафедр сифилидологии и дерматологии, оба предмета были представлены на 1 одной кафедре, что было связано с административными интересами будущего заведующего. Хотя в случае Фурнье преподавалась исключительно сифилидология. В отношении преподавания кожных болезней Фурнье считал дерматологию простым дополнением сифилидологии, которой он посвящал все свои усилия: «С одной стороны сифилис - исключительная и сложная конституциональная болезнью. С другой стороны, что из себя представляет дерматология? 6 или 8 основных типов болезней, вокруг которых крутятся ещё несколько. Преподавание их не представляет сложности для одного профессора». О Фурнье писали, что он делил болезни на «сифилитические, парасифилитические, сифилоидные или асифилитические», что «были и другие дерматозы в его отделении, но ему не было дела до чего-либо, кроме сифилиса, и он лишь дифференцировал их от сифилиса». 

Фурнье был известен ужинами в своём доме, на которые каждую пятницу приглашались его студенты и друзья, где они могли поближе познакомиться с ним и обсудить свежие новости, например, такие как дело Дрейфуса. Когда ужин заканчивался, разговор продолжался за кофе, потом Фурнье играл со своей собакой Дасией или на бильярде. Затем он возвращался к своей работе или показывал молодым коллегам или жене свою коллекцию фотографий различных болезней. Иногда просмотр фотографий сопровождался рассказами из практики, например, о дамах полусвета. Так, одна из них во время очередного профилактического обследования сказала: «Доктор, я не могу привыкнуть платить за то, что Вы смотрите меня, потому что в подобных ситуациях платят всегда мне». До нашего времени дошла заметка журналиста Леона Доде: «Вчера я был приглашен на ужин к Фурнье и имел удовольствие видеть домашний интерьер дома. Дом всегда полон веселья и ужинов, во время которых говорят только о мужских и женских частях тела, а на ужине молодые девушки могут в раскрытых книгах, оставленных на столах читать заглавия страниц, например, «Шанкры». 

После выхода на пенсию Фурнье продолжал в частном порядке консультировать и участвовал в научной деятельности. Он застал открытие трепонемы и серологической реакции, но представлял консервативную часть научного общества. Что впрочем неудивительно, до работы Шаудина и Хоффмана на роль возбудителя сифилиса уже претендовали более 20 микробов. При обсуждении же реакции Вассермана Фурнье упомянул случай фагеденизма у сифилитика, у которого она была отрицательной. «Что же тогда? Эта реакция, из-за которой возникло столько шума... Мне кажется, что она часто ошибочна.»

В истории медицины он остался выдающимся клиницистом и пылким «апостолом» противовенерической борьбы. Он верил лишь в эффективность моральных и религиозных методов, но при этом поддерживал медицинский аспект всем сердцем: обучение врачей, госпитализация заразных пациентов, открытые клиник и консультации по вечерам, наблюдение за кормилицами. В честь Альфреда Фурнье была названа площадь перед входом в больницу св.Людовика в Париже. Художник Анри Тулуз-Лотрека запечатлел Фурнье (седой мужчина) на картине «Экзамен на факультете медицины» (1901 г.).