К началу XIX века больница подошла, имея мужское и женское отделения по 30 коек. Штат больницы состоял из штаб-лекаря, двух лекарей, двух подлекарей, ванщика, кастелянши. Круглосуточно дежурили лекарь, подлекарь, 4 надзирателя в мужском отделении и 4 надзирательницы в женском.

В 1803 больница перешла в ведомство Приказа общественного призрения, который расширил больницу до 130 коек (70 мужских и 60 женских) для больных венерическими болезнями и закрыл родильное отделение. Некоторые время больница продолжала называться секретной, но вскоре это упразднили.

Одной из причин было право на анонимность, чем пользовались преступники, избегающие правосудия. Кроме того, с поступающих больных стала взиматься плата за лечение. Эти меры отрицательно повлияли на поток больных - добровольно в больницу приходили всё реже и реже. 

Те же, кто приходил в больницу в 1803 по своей воле, встречали следующий порядок. В сенях больницы находился специальный колокольчик. Приходящий больной звонком давал знать о себе. Швейцар проводил больного в приёмную комнату, расположенную в нижнем этаже больницы и сообщал о поступившем дежурному лекарю, круглосуточно находившемуся в больнице.

Если больной по характеру заболевания подлежал приёму, дежурный лекарь давал на это указание. После этого больного мыли в ванной и переодевали в больничную одежду. 

В комплект одежды для мужчины входило следующее: «рубашка, порты, галштук, колпак белые холстинные, фуфайка байковая с рукавами, халат, нижнее платье полосатое затрапезной фабрики, платок носовой синий; для женщины: платок на шею, чепчик холстинный белый, корсет с рукавами, юпка, и халат полосатые затрапезной фабрики и платок носовой синий».

Помещали больного на свободную кровать. Номер этой кровати соответствовал номеру, под которым больной находился всё время лечения и под которым были обозначены его личные вещи и одежда, сданные в кладовую.

В специальной инструкции о порядке работы больницы указано: «Никто из служителей при больнице не имеет права спрашивать об имени и состоянии больного и во всё продолжение бытности его в больнице именуется только номером».

О контингенте лечащихся больных в то время можно судить по одному из донесений, относящемуся к 1803. В нем перечисляются больные: «дворовый человек Данило Махотин под №8, имеющий «венерические бугры», танцмейстера Колумбуса человек Григорий Иванов под №30, болеющей «простой чесоткой», Алексей Михайлов под №9 и дворовая женщина Наталья Михайлова под №3 с «цынготными ранами» и человек под №21 с «большим шанкером в гортани и на тайном уде в высшей степени».

Санкт-Петербург увеличивался, как и его потребности. В 1805 при больнице было вновь открыто родильное отделение на 10 коек. В 1818 больница имела 150 коек. В 1820 по предписанию военного генерал-губернатора было открыто отделение на 50 коек для женщин, присылаемых из полиции. Появились деревянные дома для служащих, имелись огороды, «отдаваемые в оброк».

В этот период при больнице имелся также сад, в котором выращивались лекарственные травы. Из этих последних в больнице аптеки готовились необходимые экстракты, которые поэтому не входили в список лекарств, запрашиваемых для больницы из хозяйственного департамента.

К этому времени относится новая специально разработанная инструкция под названием «Как поступать в приеме и содержании больных». Приём производился надзирателем. После осмотра прибывшего больного лекарем, надзиратель переодевал больного, а его личные вещи направлял в кладовую.

Согласно инструкции положено было иметь не менее трёх перемен белья на каждого больного. Помимо приёма больных в обязанности надзирателя входило наблюдение за чистотой палат и воздуха. Во главе медицинского обслуживания стоял штаб-лекарь, который должен был руководить лекарями, подлекарями и цирюльниками.

Каждый лекарь имел определенное количество больных. Осмотры их производились ежедневно в 7 часов утра и в 4 часа дня, предваряемые звонком колокола. После осмотра каждому больному выписывался рецепт на необходимые медикаменты и пищу. На рецепте стоял номер кровати. После утверждения рецептов штаб-лекарем, они направлялись в аптеку. Лекарства оттуда получали либо сами лекари, либо подлекари и они же раздавали их больным.

Все перевязки и необходимые процедуры делали лекари. На больных велись специальные «книги», где отмечались назначения в течение болезни. Эти «книги» находились в дежурной комнате.

В обязанности подлекарей входило «безотлучно» быть при больных во время обхода и раздачи лекарств и смотреть, «чтобы не произошло недоразумения». Лекари и подлекари несли суточные дежурства, во время которых, помимо прочей работы, обязаны были проводить ночные обходы палат.

При этом довольно чётко описанном порядке, лечебное обслуживание и условия для больных в Калинкинской больнице в этот период были плохие. Лекарства в самой больнице не готовились и доставлялись с опозданием и иногда настолько плохого качества, что их приходилось возвращать. Палаты были переполнены больными, не имели достаточной вентиляции. Белья не хватало. Персонал по уходу за больными работал плохо, часто бывал пьян, приносил больным «непозволительную пищу, вино и табак». С поступающих больных взималась за лечение плата в размере 8 рублей, что по тому времени было крайне дорого. Часто больные, явившись в больницу и услышав о такой плате уходили и более не возвращались.

В 1828 был образован Попечительный совет заведений общественного призрения, который должен был находиться в «Ведомстве учреждений императрицы Марии Фёдоровны». В 1830 в ведение совета перешла Калинкинская больница. О том, в каком состоянии находилась больница в это время, красноречиво пишет К.Ф. Ордин: «По неудобству настоящего помещения больных по роду болезней их невозможно ни ожидать, ни требовать успешного лечения. Положение больницы было едва ли не хуже всех прочих заведений… Помещение больницы по древности зданий, и особенно деревянных, вообще совершенно негодно…

Болезни здесь лечимые требуют постоянно от 18 до 24 градусов теплоты; в палатах же и то некоторых бывает редко 16 градусов, иногда 15 и и 14; теплота в больнице большею частию не простирается выше 11 градусов, в несколько же холодную погоду и при ветрах термометр упадает до 8. Холод сей происходит от тонкости стен зданий и от совершенной гнилости полов и потолков… Нижний этаж главного корпуса весь на подпорках и потолки во многих комнатах грозят падением…

Служители больницы 41 человек инвалидов, 30 рабочих из смирительного дома живут в двух весьма тесных избах, выстроенных из кокор. Фельдшера размещены по разным углам и чуланам с крайнею неприличностью. Хожатые женского пола, числом 23, никакого пристанища не имеют и помещаются кое-как в самых палатах. Больница не имеет цейхгаузов, приёмных комнат, сушильной для белья, материальных кладовых и места для хранения умерших до погребения их… Ретирадные места вообще холодные, ванные комнаты тесны и сыры…».

В 1831 по представлению Попечительного совета был начат ремонт больницы: построен главный каменный корпус больницы, построен деревянный корпус для летних палат, перестроен т.н. полицейский флигель, отремонтирована родильная и арестантская и введен штат для 210 кроватей (80 мужских и 130 женских).