В начале XIX века Пруссия претерпела множество реформ (т.н. реформы Штейна и Гарденберга), которые в т.ч. затрагивали систему образования. В 1810 в Берлине был основан университет, который сегодня носит имя главного проводника реформы образования, министра образования Вильгельма фон Гумбольдта. Деканом медицинского университета назначили придворного медика и врача Шарите Кристофа Вильгельма Гуфеланда, осуждавшего практику чрезмерного кровопускания и призывающего переосмыслить возможности самовосстановления в человеческом организме. 

К этому моменту положение дел в Шарите было очень далеко от идеального, но во всяком случае лучше, чем в минувшие десятилетия. Во время перестройки больницы в конце XVIII века исчезает первоначальный чумной дом, появляются новые многоэтажные здания, больницу покидают нищие и бездомные, а также её стены покидают военные врачи.

Теперь это исключительно больница, где лечение проходит в соответствии с научными стандартами. Даже с психическими больными обходятся, как с больными, которым можно помочь. Однако у новопостроенного Шарите есть один недостаток - санитарные условия были все ещё были далеки от желаемого. Хотя жалобы на них не прекращались, это не приводило к изменениям или отставкам.

Обучение в Шарите было в большей степени ориентировано на практику «у постели больного», тогда как обучение в университете было очень теоретическим и общим, в соответствии с идеалом образования Гумбольдта. Гуфеланд видел преимущества ориентированного на практику обучения и стремился к более тесной связи между Шарите и университетом.

Первоначально сохранялось разделение двух учреждений, но постепенно происходило слияние по мере того, как университет строил всё больше и больше собственных клиник на территории Шарите. Это слияние привело к тому, что все больше ведущих врачей становились штатными сотрудниками университета.

Дерматовенерология Шарите развивалась согласно изменениям самой Шарите. Ещё при основании лазаретов в 1727 наблюдалась дифференциация в распределении больных по нозологиям - некоторые палаты были предназначены для лечения больных сифилисом мужчин и женщин. После реорганизации Шарите палаты с больными сифилисом и чесоткой, а также с душевными расстройствами находись в составе терапевтической клиники. 

В 1822 были услышаны аргументы главы хирургической и родовой клиники Карла Александра Фердинанда Клуге о создании первой независимой сифилитической клиники. Из почти невентилируемых, больших, перенаселённых палат пациенты усилиями Клуге были переведены в новое здание (т.н. «новая Шарите») с 59 койками для женщин и 44 - для мужчин. Клуге ввёл точную запись анамнеза, течения и лечения болезни. Клуге руководил первой германской клиникой больных сифилисом 2 десятка лет. 

В 1844 Йозеф Герман Шмидт взял на себя обязанность по управлению сифилитической клиникой, но из-за большего интереса к акушерству руководство клиникой через 4 года было заброшено. Временным руководителем стал Герман Квинке (его сын Генрих Квинке описал известный отёк). Затем в 1848 клиника обрела своего нового руководителя – Карла Густава Теодора Зимона, написавшего ряд заметных работ по дерматовенерологии, но и он оставил руководящий пост через 4 года. Клуге, Шмидт и Зимон считаются первыми представителями специальности в Берлине и от них берут начало кожные и венерические болезни на медицинском факультете. 

Фридрих фон Береншпрунг заступил на руководство в 1853. Он проработал лишь 10 лет, но его директорство стало рассветом Берлинской дерматологии. Во время его работы шли очень упорные дискуссии о необходимости полноценной дерматологической клиники, длились они 2 года из-за чрезвычайно натянутых отношений между медицинским факультетом и министерством образования. В споре на стороне создателей новой структуры выступил Иоганн Шёнляйн, что оказало немаловажное значение, и в 1858 была открыта клиника и поликлиника дерматологии Шарите.

Вместе с этим появилась отдельная специализация. Береншпрунг стал директором следующих отделений: сифилитическое – 200 коек в новой Шарите, чесоточные болезни – 30 коек в новом Шарите, дерматологическое – 20 коек в старом Шарите. 

Его преемниками были Георг Рихард Левин и Эдмунд Лессер. Левин с 1884 делил власть с любимым врачом Бисмарка Эрнестом Швенингером, который отвечал за дерматологию. Управление сифилитическим отделением после ухода Левина должно было перейти к Оскару Лассару. Впрочем у Левина был свой взгляд на своего преемника, в том числе исходя из своего еврейского происхождения, он выбрал Эдмунда Лессера. Фридрих Альтхоф, директор министерства культуры Пруссии в свою очередь симпатизировал Альберту Нейссеру, но того не устроило состояние клиник Шарите.

Нейссера можно понять, ведь последняя реорганизация Шарите была проведена в 1830-ых. Гигиенические, кадровые и административные решения на конец XIX века выглядили давно устаревшими. С 1896 по 1917 в районе Шарите были проведены обширные ремонтные работы и построены новые здания. Одобрение нового проекта во многом произошло благодаря Фридриху Альтхофу. «Старая» и «новая Шарите» были последовательно снесены и заменены кирпичным ансамблем, состоящим из нескольких больших больничных зданий, которые можно наблюдать и сегодня.

В новых зданиях были устроены меньшие по размеру больничные палаты, действующие санитарные узлы, функциональные лаборатории, операционные, отвечавшие гигиеническим стандартам, и многочисленные большие и хорошо оборудованные лекционные залы. Шарите снова начала притягивать студентов, врачей и исследователей. 

Шарите пользовалась наибольшей репутацией с 1870 по 1918. Список выдающихся учёных, работавших в больнице, может занять не одну страницу. Но политика назначения только заслуженных профессоров привела к тому, что все реже профессорам становились сравнительно молодые и творчески мыслящие учёные.

Кроме того, антигерманские настроения после Первой мировой войны не способствовали развитию немецкой науки: немецкий язык, на котором ранее печатались все значимые научные работы в Европе подвергся обструкции, как и немецкие учёные, которых не допускали до конференций и отказывались публиковать в журналах. Дальнейшие события XX века и подавно не добавили симпатий немецкой науке. 

Шарите продолжало своё существование после разделения Германии на территории ГДР. В 1982 было открыто высотное здание (Bettenhochhaus), предназначенное главным образом для стационарной помощи. Здание возвышается над всем комплексом больницы Шарите и его видно с различных смотровых площадок Берлина. В 2016 завершился ремонт и модернизация, что сделало Шарите одной из самых современных университетских больниц в Европе. Также сохраняется и доступен осмотру ансамбль кирпичных зданий, созданный в начале XX века и внесённый в список культурного наследия.