Эмбриологическое обоснование расположения линий Блашко пока является загадкой, однако характер их расположения четко отличается от других известных линейных рисунков. Линии Блашко никак не связаны с другими сосудистыми или лимфатическими структурами кожи. Jackson предположил, что их локализация частично обусловлена тканями дермы. Врожденная ошибка морфогенеза вследствие мутации единственного гена или растяжение кожи в ходе эмбриогенеза также рассматривались в качестве причинных механизмов. Характерный рисунок локализации линий указывает на наличие двух разных клонов клеток в раннем эмбриогенезе. Так, вероятно, эти линии представляют собой форму «мозаичности» человека, при которой две или более генетически определенных клеточных популяций присутствуют в индивидууме, происходящем от одной зиготы. Эти разные клоны могут развиться вследствие лайонизации (произвольной инактивации одной из двух Х-хромосом во всех клетках у женщин), постзиготных соматических мутаций в ходе раннего эмбриогенеза и гаметной полухроматидной мутации, имевшей место до оплодотворения. Однако ни одна теория пока точно не объясняет локализацию линий Блашко.